（一）党政办公室
负责本单位日常运转工作，承担党建、人事、文书、会务、宣传、后勤、财务、档案、信访、院务公开等工作。负责组织起草综合性材料、重要文件。负责离退休干部服务管理等工作。
（二）开放教育学院
依托上级开放大学组织开展各类成人学历教育提升工作。负责与高校合作开展函授教育教学管理。指导各县（区）开放大学的学历教育工作。
（三）社会培训学院
负责全市开放系统教师和中等职业学校教师的培训工作。根据社会需要组织开办或与各行业、部门合作开办各类成人非学历教育培训。组织开展全市中小学生的课外艺术教育和社会实践。
（四）老年教育学院（银龄学院）
面向新城区域开办舟山老年开放大学，组织开展各类老年教育服务工作。指导各县（区）开放大学的老年教育工作。
（五）终身教育处（家庭教育指导中心）
指导各县（区）面向全体市民开展市民素质提升教育，打造市民学习基地，创建终身教育品牌，指导现代化社区学校创建，完成上级开放大学终身教育方面的其他工作。负责市家庭教育指导中心和市家长学校总校的日常管理工作。指导各县（区）家长学校总校和市属家长学校的家庭教育工作。
（六）信息科研处（教育教学研究中心）
负责全市中等职业学校的教育研究工作，推广教学经验，推动教育改革。开展全市终身教育、老年教育、家庭教育和其他成人非学历教育的研究工作。负责信息技术支持和数字化改革。